En résumé, l’écouvillon PCR recueille l’ARN de votre cavité nasale.
En résumé, l’écouvillon PCR recueille l’ARN de votre cavité nasale.
Pendant ce temps, les antivaxxers ont rapidement formé une alliance impie avec des antimasques, des minimisateurs et des négationnistes de la pandémie de COVID-19, et d’autres s’opposant aux mandats de santé publique pour contrôler la propagation du SRAS-CoV- 2, le coronavirus qui cause le COVID-19 (y compris les croyants QAnon !) tout en occupant ce mouvement de pseudosciences antivaccinales et de théories du complot et lançant une guerre de désinformation préventive contre les vaccins COVID-19. Le leader et propagandiste d’Antivax, Robert F. Kennedy, Jr, a tout misé sur la minimisation / le déni du COVID-19, et Del Bigtree, qui a réalisé le film de propagande anti-vaccin VAXXED avec Andrew Wakefield, un exhorté ses auditeurs à “attraper ce rhume” afin de renforcer l’immunité collective parmi les “sains”, car, pour lui, le COVID-19 n’est pas dangereux, sauf pour ceux qui sont qualifiés d’être mis en danger, en particulier ceux qui souffrent de maladies chroniques dues à la suralimentation, au manque d’exercice, à l’excès de boisson, etc. . Il blâmait la victime dans sa forme la plus flagrante, très typique des militants anti-vaccins.
Cela m’amène à la dernière ligne de propagande promue par les négationnistes et les antivaxxeurs du COVID-19, celle de la “casedemic”.
Qu’est-ce que la « casédémie » ?
Qu’est-ce qu’une « casémie » ? La semaine dernière, le magnat de l’über-charlatan (d’une valeur de plus de 100 millions de dollars !) Joseph Mercola, DO a publié un article intitulé “Asymptomatique ‘Casedemic’ Is a Perpetuation of Needless Fear”. De manière amusante, Mercola énumère bien en évidence son article comme ayant été « fact-checked », auquel cas je ne peux que répondre : « Fact-checked ? Tu continues à utiliser ce mot. Je ne pense pas que cela signifie ce que vous pensez que cela signifie.
Avant de déconstruire les affirmations de Mercola, prenez un moment pour examiner pourquoi la «casédémie» a été un mot à la mode parmi les négationnistes du COVID-19 et les antivaxxers ces derniers temps. Au moment où j’écris hier, le COVID-19 se répand de manière incontrôlable dans de vastes étendues des États-Unis, le nombre de cas (connus) atteignant 12 millions et le nombre de décès dépassant le quart de million. Les hospitalisations augmentent, et dans de vastes régions des États-Unis, les hôpitaux et le système de santé sont mis à rude épreuve sous la charge de prendre soin de tant de patients COVID-19. La situation ne fait qu’empirer, les hôpitaux de la moitié des États étant confrontés à des pénuries massives de personnel, en particulier des pénuries d’infirmières en soins s’intensifient. Face à de tels chiffres empiriques, il est difficile de nier la gravité actuelle de la pandémie de COVID-19 aux États-Unis ; c’est-à-dire, à moins que vous ne trouviez un moyen de redéfinir vos termes. Entrez dans la « casidémie », dans laquelle les antivaxxeurs et les négationnistes du COVID-19 tentent de prétendre que ce que nous voyons est une épidémie de tests positifs, et non de vraie maladie, d’où le terme. En effet, si vous effectuez une recherche sur le terme « casédémique », vous trouverez des articles des suspects habituels du COVID-19 niant l’argument selon lequel l’augmentation désormais exponentielle des cas de COVID-19 n’est pas due à une véritable maladie, mais plutôt à un artefact. de tests plus larges.
Fondamentalement, “casedemic” n’est qu’un nouveau nom pour un vieux trope denier COVID-19, que l’augmentation des tests explique la pandémie et que COVID-19 n’est pas dangereux. En effet, une recherche Google Trends montre que le terme n’est pas apparu dans les recherches Google que début août, mais je n’ai pas encore été en mesure de déterminer qui a inventé le mot :
Le premier exemple zenidol arnaque dans lequel le terme « casidémie » a été utilisé était ce Tweet :
Comprendre #Casedemic versus #Epidemic
Vous vous interrogez sur toute l’attention portée aux cas maintenant, alors que les impacts sur la mortalité / les soins s’intensifient ont presque disparu à travers l’Europe, etc. ? (Remarque : certaines régions sont toujours supportées, jusqu’à ce que l’immunité communautaire soit établie)
Cette courte vidéo devrait vous aider à comprendre : pic.twitter.com/hH7cTHJzlu
– Ivor Cummins (@FatEmperor) 1er août 2020
Je pense que c’est peut-être le premier cas de « casidémie » et qu’Ivor Cummins pourrait bien être la personne qui a inventé le terme, mais je n’en suis vraiment pas sûr. Ivor Cummins, pour ceux qui ne le connaissent pas, est un ingénieur qui a décidé qu’il en savait plus sur la nutrition et la santé que les vrais, vous savez, les nutritionnistes et les médecins et s’étaient imposés comme un charlatan de la nutrition sous le titre “Fat Emperor” bien avant COVID-19 . Une fois que la pandémie a frappé, il a rapidement pivoté pour devenir un escroc du COVID-19 et est devenu extrêmement influent parmi la foule du déni du COVID-19. Son shtick a été à peu près ceci, affirmer que les chiffres de COVID-19 sont gonflés en raison de l’augmentation des tests et que ce n’est pas si dangereux. Cummins a proposé son propre article, et je voulais en faire un pour discuter de sa pseudoscience sur l’alimentation et le COVID-10, mais aujourd’hui n’est pas le jour pour cela.
C’est là que les antivaxxeurs glom sur. Après tout, si le COVID-19 n’est pas dangereux, en particulier s’il n’est pas plus dangereux que la grippe, alors il n’y a pas besoin de masque, pas besoin de distanciation sociale, pas besoin d’ interventions de santé publique telles que limiter les activités connues pour être des sources de propagation (comme manger à l’intérieur dans les restaurants et faire travailler ceux qui peuvent travailler à domicile) et, surtout, pas besoin de vaccin.
Revenons maintenant à Mercola. Mercola s’appuie largement sur une vidéo de Del Bigtree. (C’est toujours une mauvaise idée d’utiliser une source aussi peu fiable, mais s’il y a une chose dans laquelle Bigtree est doué, c’est la fabrication d’une propagande anti-scientifique et anti-vaccin qui semble réalisée pour les personnes qui ne connaissent pas bien les sciences applicables.) Je ne vais pas l’intégrer ou créer un lien vers-ci ; c’est dans l’article si vous voulez vraiment vous soumettre à 23 minutes de divagation de Bigtree. Cela m’amuse aussi quand quelqu’un qui ne connaît rien à la PCR pontifie à propos de la PCR, comme la police Bigtree et Mercola.
Bases de la PCR
Je connais la PCR, qui signifie « réaction en chaîne par polymérase » et est une technique très sensible pour amplifier de minuscules quantités de séquences d’ADN spécifiques. (J’ai déjà évoqué la PCR dans le contexte de son utilisation abusive par les défenseurs des anti-vaccins.) Avant de m’éloigner du travail de laboratoire moi-même – comme les directeurs de laboratoire ont tendance à le faire au fil du temps – j’avais fait littéralement des milliers de tests PCR personnellement dans mon temps en tant que rat de laboratoire, datant des années 1990, lorsque la PCR était nouvelle. J’avais également effectué des milliers de tests PCR quantitatifs en temps réel. Même si cela fait quelques années que je n’ai pas personnellement fait de PCR, je connais la PCR. J’ai dépanné plus de réactions PCR que je ne me souviens. C’est donc avec une combinaison d’amusement et de dégoût que j’ai regardé Bigtree et Mercola sélectionner des faits sur la PCR et tordre les problèmes connus avec les tests PCR pour jeter le doute sur la fiabilité de tous les tests PCR pour COVID -19.
Cela nous ramène à Mercola :
Alors que les tests de coronavirus se déroulent en masse à travers les États-Unis, beaucoup se demandent si les tests sont suffisamment précis pour faire confiance, en particulier chez les personnes asymptomatiques. Les tests positifs de réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR) présentent plusieurs inconvénients qui produisent les tests de masse problématiques et propices à des campagnes de peur trompeuses.
Pour commencer, le test PCR n’est pas conçu pour être utilisé comme outil de diagnostic car il ne peut pas faire la distinction entre les virus inactifs et les virus “vivants” ou reproducteurs.1 C’est un point crucial, car les virus inactifs et reproducteurs ne sont pas interchangeables en termes d’infectiosité. . Si vous avez un virus non reproducteur dans votre corps, vous ne tomberez pas malade et vous ne pourrez pas le transmettre à d’autres.
Cela m’énerve vraiment quand un charlatan comme Mercola parle d’un fait concernant un test ou une intervention médicale comme si les scientifiques et les médecins n’y avaient jamais pensé auparavant ! Voici comment fonctionne la réaction en chaîne par polymérase de transcriptase inverse (RT-PCR). Parce que COVID-19 est un virus à ARN, afin d’amplifier une partie de sa séquence, l’ARN doit d’abord être converti en ADN, ce qui est fait avec une enzyme appelée transcriptase inverse, qui transcrit l’ARN en ADN. Ensuite, cet ADN peut être amplifié à l’aide d’une norme de réaction PCR, qui utilise deux amorces conçues pour correspondre à des séquences spécifiques sur la séquence d’ADN cible. Fondamentalement, deux amorces différentes (courtes étendues d’ADN conçues pour être complémentaires et donc se lier à une séquence d’intérêt, chacune étant sur des brins opposés “visés” l’un à l’autre sont mélangées avec l’échantillon contenant l “ADN d’intérêt, puis exécutés par différentes étapes de température. La première est l’étape de dénaturation à 95 °C, qui garantit que tout l’ADN d’intérêt a été séparé en ses deux brins complémentaires. Ensuite, la température est abaissée pour permettre aux amorces de se lier à leurs séquences complémentaires (la phase d’annelage). pas exactement se approprié, conduisant à une amplification d’ADN autre que la séquence prévue. Elle ne peut pas être trop élevée. soit, ou il n’y aura pas assez de liaison. Vient ensuite la phase d’élongation, où la température est augmentée à 72° ou environ, ce qui est pro che de la température optimale pour que la polymérase Taq fasse son travail. Vient enfin une autre phase de dénaturation, où la température est portée brièvement à 95° pour séparer les brins, après quoi la température est redescendue à la température de recuit et le cycle recommence. Étant donné que le nombre de copies de la séquence d’ADN cible double à peu près à chaque cycle, après 30 à 40 cycles, même des copies d’ADN uniques peuvent être détectées. Voici à quoi cela ressemble sous forme schématique :
Comment fonctionne la PCR
Il existe une variante de la PCR connue sous le nom de PCR quantitative en temps réel, dans laquelle chaque cycle libère un marqueur fluorescent, dont le signal peut être quantifié à chaque cycle. Autrefois, la PCR était essentiellement un test oui-non. Vous exécutez la réaction PCR pendant un nombre donné de cycles, et vous pouviez ou non voir une bande sur un gel de séparation d’ADN. Avec la PCR en temps réel, une quantification précise de la cible ADN présente est possible. Aux fins de ma discussion, vous n’avez vraiment pas besoin de connaître les détails si ce n’est de savoir que c’est le cas.
En tout état de cause, la plus grande puissance de la PCR conduit aussi aux plus grands écueils de son application. Fondamentalement, la PCR est si sensible qu’il est très facile pour une réaction PCR d’amplifier un contaminant ou pour les amorces de s’anneler à des séquences similaires mais non identiques et d’amplifier ainsi l’ADN autre que la séquence d ‘intérêt. En effet, j’ai rencontré tous ces pièges et plus encore. C’est pourquoi les contrôles sont de la plus haute importance. Par exemple, il doit y avoir un bon contrôle négatif pour faire savoir au chercheur que les conditions de PCR choisies n’amplifient pas les déchets. De plus, si vous avez mal conçu vos amorces ou si vous les recuitez à une température trop basse, vous pouvez obtenir une liaison non spécifique et un amplificateur des séquences que vous ne souhaitez pas. Dans l’ensemble, la PCR peut être un jeu très délicat, et cela devient plus délicat plus vous utilisez de cycles pour amplificateur et moins vous utilisez d’amplificateur de séquences clés. La PCR est une amplification exponentielle ; de petites variations dans les premiers cycles peuvent avoir des effets énormes dans les cycles ultérieurs, produisent une grande variation des résultats. Chaque scientifique qui a déjà effectué une quantité importante de PCR connaît ces pièges et prend des mesures pour les éviter. Mercola les traite comme si personne ne les connaît et que les décrit est une sorte de “révélation” ou de “secret” que les scientifiques vous cachent.
Retour à la « casédémie ».
Joe Mercola : Désinformation régurgitante sur le COVID-19
Venons-en donc à l’allégation principale qui relève du terme « casidémie » :
En résumé, l’écouvillon PCR recueille l’ARN de votre cavité nasale. Cet ARN est ensuite rétrotranscrit en ADN. Cependant, comme les fragments génétiques sont si petits, ils doivent être amplifiés pour devenir discernables.
Chaque cycle d’amplification est appelé un cycle, et le nombre de cycles d’amplification utilisé par un test ou un laboratoire est appelé un seuil de cycle. L’amplification sur 35 cycles est considérée comme peu fiable et scientifiquement injustifiée. Certains experts disent qu’il ne faut pas utiliser plus de 30 cycles,3 pourtant les tests de Drosten et les tests recommandés par l’Organisation mondiale de la santé sont fixés à 45 cycles.4,5,6
Lorsque vous dépassez 30 cycles, même des séquences insignifiantes d’ADN viral finissent par être amplifiées au point que le test est positif même si votre charge virale est extrêmement faible ou si le virus est inactif et ne représente aucune menace pour vous ou pour peu.
Cette dernière partie n’est-elle pas à peu près ce que je disais plus haut ? Voyez ce que je veux dire à propos de charlatans traitant des problèmes bien connus avec un test ou une intervention médicale comme une « révélation » de « connaissances secrètes » dont « ils » ne veulent pas que vous soyez au courant.
Oui, il est vrai que la PCR sur des tests sur écouvillon du nasopharynx vous indique uniquement s’il y a de l’ARN SARS-CoV-2 détectable présent dans l’échantillon ; il ne dit pas si cet ARN provient d’un virus infectieux ou provoque une infection clinique. Oui, il est vrai que la PCR a détecté de nombreux cas asymptomatiques, mais il est également vrai que les patients asymptomatiques peuvent toujours propager le COVID-19, malgré les anciennes déclarations de l’OMS en juin, c’est pourquoi l’identification de ces cas sont importants. Il est également vrai qu’il y a eu un peu de controverse sur ce que devrait être le nombre de seuils PCR approprié pour les tests COVID-19, ainsi que sur le fait qu’au début de la pandémie, les tests PCR étaient beaucoup moins fiable. (Juste témoin de la débâcle du CDC lorsqu’il a essayé de concevoir son propre test PCR pour le SRAS-CoV-2.) Cependant, maintenant, près d’un an après le début de la pandémie mondiale et près de dix mois après que la pandémie a frappé les côtes américaines, nous avons beaucoup plus d’expérience avec ces épreuves. Plus à ce sujet dans un instant, mais laissons d’abord Mercola avoir un peu plus de corde pour se pendre, parlant scientifiquement :
Lorsque les laboratoires utilisent ces seuils de cycle excessifs, vous vous retrouvez avec un nombre beaucoup plus élevé de tests positifs que vous ne le feriez autrement. À l’heure actuelle, et depuis plusieurs mois maintenant, nous avons vraiment affaire à une « casidémie 7,8 », c’est-à-dire à une épidémie de faux positifs.
Rappelez-vous, dans la terminologie médicale, lorsqu’il est utilisé avec précision, un « cas » fait référence à une personne qui présente des symptômes d’une maladie. En signalant à tort les tests positifs comme des “cas”, la pandémie semble plus grave qu’elle ne l’est en réalité.
Hilarante, la référence #7 n’est pas un article scientifique. Il s’agit d’un article de PJ Media, le réseau d’information de propagande de droite, et il s’agit essentiellement d’une diatribe contre Joe Biden qui, de manière amusante, fait référence à un autre article de PJ Media qui cite un article du New York Times sans y faire de lien. Que disait l’article ? Fondamentalement, le NYT a examiné un ensemble de tests PCR effectués par un laboratoire, le Wadsworth Center (un laboratoire de l’État de New York) et a identifié 872 tests positifs en juillet, basés sur un seuil de 40 cycles. Ils ont constaté qu’avec un seuil de 35, environ 43 % de ces tests n’auraient plus été qualifiés de positifs et qu’environ 63 % n’auraient plus été jugés positifs si les cycles étaient limités à 30. Fait intéressant, cet article du NYT a été publié en fin août, mais je n’ai pas encore vu de publication fournie par des paires à ce sujet. La seule publication éventuellement pertinente que j’ai pu trouver du Wadsworth Center a rapporté son évaluation du test NeuMoDx™ SARS-CoV-2, effectué sur un système moléculaire NeuMoDx, un test de diagnostic RT-PCR rapide, automatisé et qualitatif en temps réel avec débit jusqu’à 288 tests dans un quart de travail de 8 heures. L’article concluait que ce système automatisé avait une sensibilité et une spécificité similaires à celles du test CDC.